Kerajaan Malaysia menyediakan MFRDMD sebuah kawasan di Chendering, Kuala Terengganu lengkap dengan bangunan, termasuk makmal penyelidikan, kapal penyelidikan, kemudahan pejabat dan peralatan, khidmat kakitangan profesional dan sokongan, serta sumbangan tahunan bagi menampung perbelanjaan operasi Jabatan. Bangunan untuk menempatkan MFRDMD telah siap untuk diduduki pada akhir Jun 1992.
Selaras dengan peruntukan Artikel 11 dalam Perjanjian Penubuhan Pusat, Kerajaan Jepun menyumbang bagi peralatan operasi, serta biasiswa untuk peserta latihan dari Negara Ahli dan kakitangan rakan sekerja Malaysia di MFRDMD. Keperluan belanjawan ini adalah bagi penubuhan awal MFRDMD serta perkhidmatan seorang Timbalan Ketua dan beberapa kakitangan profesional dari Jepun.
Pengisytiharan Zon Ekonomi Eksklusif (EEZ) di rantau ini menuntut SEAFDEC memainkan peranan lebih aktif dalam membantu Negara Ahli membangunkan dan mengurus perikanan marin di perairan dalam bidang kuasa EEZ masing-masing. Tugas ini perlu dilaksanakan secara berdasarkan kerjasama serantau. Dengan penubuhan MFRDMD, diharapkan keperluan dan masalah serantau negara-negara pesisir, berkaitan dengan tanggungjawab untuk memulihara dan mengurus perikanan marin bagi pembangunan lestari, dapat ditangani dengan lebih berkesan.